الحكم العثماني
وفي عام 1501 إختار المماليك السلطان قنصوه الغوري ليكون سلطانا علي مصر والشام وبلاد الحجاز. وكان قد إشتكي للبابا في روما من البحرية البرتغالية التي لفت حول أفريقيا ودخلت المحيط الهندي والبحر الأحمر.وأقام الغوري إسطولا هزم البرتغاليين عند سواحل مالابار عام 1508 وكان من البحارة المماليك والعثمانيين وفي العام التالي أغرق الأسطول المصري في معركة ديو من البرتغاليين. وبني المماليك أسطولا ثانيا بمعاونة العثمانيين استطاع أن يدافع عن عدن عند باب المندب عام 1513.وكان السلطان العثماني سليم الأول قد تولي الحكم عام 1512. وهاجم المماليك في آسيا الصغري لمدة أربع سنوات قبل احتلاله الشام ولم يصمد فرسان قنصوه من المماليك أمام الأسلحة والمدافع العثمانية في معركة مرج دابق بحلب عام 1516. وهزم طومانباي في الريدانية قرب القاهرة بصحراء العباسية في يناير عام 1517 وأعدم طومنباي علي باب زويلة بعد القبض عليه. وكان قد حارب سليم قرب المطرية بجوار مسلة عين شمس وكان قد عرض سليم عليه حكم مصر تحت الحكم العثماني ورفض. ودارت معركة عند الأهرامات استمرت يومين ولجأ طومانباي للبدو لكنهم باعوه حيث قادوه لسليم بالسلاسل وأقتيد من بولاق لباب زويلة حيث اعدم. وبهذا إنتهي عصر حكم السلاطين المماليك بمصر والشام والحجاز. وعند الإعدام نادي علي الجماهير لتنقذه من الشنق فلا مجيب. وقرأ البسملة ثلاث مرات. ولما تولي خيري بك وكان واليا علي حلب ولاية مصر إتخذ قرارا بإلغاء الإقطاع المملوكي وجعل تحصيل المال ثابتا وخراج القمح كان يرسل جزء منه لإدارة شئون الامبراطورية. واتخذ له حامية من أوجاق الإنكشارية لحراسة اسوار القاهرة والقلعة التي كانت مقر الوالي العثماني.وكان يطلق عليهم المستحفظان ويرأسهم الأغا. وكان كتخدا مستحفظان مهمته السيطرة علي أوجاقات الأقاليم التي كانت من الإنكشارية أيضا. ولما تولي الوالي أحمد باشا بعده عام 1522 أعلن السلطنة في مصر وكان يعاونه اليهود بالمال إلا أنه قتل عام 1524 بعده جاء مصر الوزير أبراهيم باشا بعام ووضع سياسة للإدارة جديدة. فكون أول حكومة عثمانية وعلي رأسها الوالي أو الباشا يعاونه مجلس استشاري يجتمع أربع مرات في الإسبوع. وقسم مصر 14 الوزير إبراهيم يرأسها الضباط المصريون ومهمتهم تنظيم الري وجمع الضرائب. وكان بيت المال مسئولا عن دفع 16 مليون بارة للآستانة سنويا وهو الجزء المستحق لإدارة شؤون الامبراطورية. وفتح العثمانيون اليمن وعدن عام 1538 وهم في طريقهم لملاقاة البرتغاليين في معركة ديو بغربي شبه القارة الهندية. لكنهم هزموا وعادوا للقصير بمصر واتجهوا برا لأسوان. وأثناءها شن الإمام أحمد باليمن الحرب معلنا الجهاد علي أثيوبيا (الحبشة). حبث إنهزم من الأحباش والبرتغاليين. ولما حكم أوزدمير باشا اليمن إحتل في عام 1555 مصوع علي البحر الأحمر واحتل أجزاء من الحبشة وجعلها إقليما تابعا له. إلا أن الشيعة الزيدية ثارت علي الحكم العثماني باليمن عام 1567. وكانت مصر كولاية عثمانية كانت مقسمة لعدة أقاليم إدارية وكل إقليم كان يتولاه مملوك من المماليك البكوات مسئول أمام الحاكم العثماني والحاكم كان مسئولا امام الباب العالي بالآستانة. وفي القرن 18 أصبح الباشا صوريا ولكن المماليك البكوات كانوا اهل الحل والعقد في مصر. وكانت بينهم صراعات علي السلطة محتدمة ومنافسة للسيطرة علي سدة الحكم ظلت حتي مجيء الحملة الفرنسية عام 1798 التي غيرت من موقف المماليك وشتتتهم.